Půda v přirozeném lese není jednolitou vrstvou. Je výsledkem dlouhodobého působení stromů, kořenů, vody, organismů, tlejícího dřeva i disturbancí. Vývraty vytvářejí prohlubně a kupy zeminy, kořeny přemisťují půdní materiál a různé druhy stromů ovlivňují chemické složení i rychlost rozkladu organické hmoty.
Výzkum se zaměřuje na vznik a vývoj lesních půd, jejich prostorovou proměnlivost a vazby mezi půdou, reliéfem a vegetací. Důležitou otázkou je, jak stromy půdu dlouhodobě formují a jak se naopak půdní podmínky promítají do růstu, obnovy a druhového složení lesa.
Data vznikají prostřednictvím půdních sond, odběrů vzorků, laboratorních analýz, mapování vývratových tvarů, geodetického zaměřování a opakovaného sledování půdního povrchu. Výsledky jsou ukládány také v Pedobance a propojovány s údaji o jednotlivých stromech a vegetaci.
Hlavní datové zdroje: Pedobanka, půdní profily a vzorky, fyzikální a chemické rozbory, data o svrchních organických horizontech, mapy mikroreliéfu, vývratů, vegetace a prostorové polohy stromů.
Tématu se věnuje zejména: Pavel Šamonil, který se zaměřuje na pedogenezi, vývoj organických horizontů, vztahy mezi stromy a půdou, vývratovou dynamiku, geostatistiku a správu Pedobanky. Na botanickém a fytocenologickém vyhodnocení se podílí také Pavel Unar.